自動DNA合成儀儀器的故障排除 化學合成方法與生化方法存在顯著差異，材料和方法的微小變化往往會導致所得產品與可靠的合成路線之間存在差異。以下是一些可能導致失敗的體驗問題。
1. 溶劑
大多數用于化學合成的商業試劑不夠純。因此，使用前應進行純化（常用方法：蒸餾）。對于“專為合成 DNA 純度而設計"的溶劑，檢查它們的顏色（幾乎所有液體都是無色的）和透明度（顆粒會堵塞多孔玻璃，分子篩粉塵會導致合成失敗）。大多數相關雜質是水、酸、堿和金屬離子。
水：將吸水的化學試劑蒸餾一次，大部分溶劑的含水量會降到10btg/g以下。由于偶聯步驟中允許有少量水，因此可以使用具有這種水分含量的溶劑進行合成。很多溶劑都是吸濕的，所以所有的溶劑容器都應該密閉，只能短時間打開。通常不需要將它們儲存在氬氣中。
酸和堿：氯化烴中常含有微量的鹽酸，在合成過程中會造成二甲氧基三苯甲基的損失。檢測方法如下： 將1mg 5,-O-二甲氧基三苯甲基脫氧核糖核苷酸衍生物溶于5ml溶劑中，在495nm處測定吸光度。應該沒有吸收。極性溶劑中的一級和二級氨可以切斷寡核苷酸與載體之間的鍵，這可以通過茚三酮試驗來檢測。
金屬離子：雖然在溶劑中沒有這樣的問題，但用作干燥劑的分子篩含有大量的鐵。一些溶劑會從分子篩中過濾掉與 DNA 結合的三價鐵離子，從而導致堿基修飾和核苷酸間切除。其他金屬離子也可能有害。
2. 試劑
在 DNA 合成過程中，脫氧核糖核苷單體中的少量高活性雜質會產生非常大的影響。大量過量單體的應用擴大了雜質的影響。檢測難度較大，但應引起高度重視。催化劑、偶聯劑和脫保護劑中的雜質通常影響較小。
3. 設備
DNA 合成可以使用多種不同類型的儀器進行。總的原則是它可以應用于磷酰二酯法和亞磷酰胺三酯法。儀器一般分為4種類型：手動、半手動、半自動和自動（DNA合成儀）。 DNA合成儀減少了合成所需的手工勞動，但儀器無法替代人機故障。誤差因儀器本身的檢測能力而異。甚至儀器也沒有“反饋控制"，可以準確地分析合成的成功或根據提供的信息進行調整。因此，該儀器并不是真正的“自動"（注意：測量釋放的 DMT 組只是一種機械檢查，不是可用產品量的可靠指南，而是鏈擴增效率的指南）。總之，無論選擇哪種儀器，與溶劑接觸的部分都應使用玻璃或聚四氟乙烯。
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